Родился 18 апреля 1927 в г. Нью-Йорке. Учился в Йельском и Чикагском университетах. В 1951 году защитил диссертацию в Гарварде, там же преподавал в 1950-1958 гг. С 1959 по 1962 гг. - директор Института изучения войны и мира при Колумбийском университете. Затем вновь работал в Гарварде, занимал различные административные и научные посты. В 1977-78 гг. - координатор отдела планирования Совета Национальной Безопасности при президенте США; в 1978-89 гг. - директор Центра международных отношений. В 1989 году возглавил Институт стратегических исследований.

С.Хантингтон - автор многих научных трудов, среди которых: "The Soldier and the State: The Theory and Politics of Civil-Military Relations" (1957), "The Common Defense: Strategy Programs in National Politics" (1961), "American Politics: The Power of Disharmony" (1981), "The Third Wave: Democratization in the Late Twentieth Century" (1991). Книга С.Хантингтона "Столкновение цивилизаций и переустройство мирового порядка" ("The Clash of Civilizations and the Remaking of World Order", 1996) переведена более чем на 20 языков, приобрела огромную известность и вызвала большой резонанс в мире.