Родился в 1972 году в Ленинграде. В 1990-2000 годах работал в Российском государственном архиве военно-морского флота хранителем фондов, архивистом, затем - ведущим специалистом в отделе научно-справочного аппарата и государственного учета документов. В 1994 году окончил исторический факультет Санкт-Петербургского государственного университета. В 2000-2003 годах - слушатель Европейского университета в Санкт-Петербурге. С осени 2003 года является заведующим архивохранилищем русского флота в Российском государственном архиве военно-морского флота.
А.Ю.Емелин является соавтором книг "Воздухоплавательный крейсер "Русь" (СПб., 1997), "Петербургский, Петроградский, Ленинградский военный округ" (СПб., 1999), подготовил к переизданию воспоминания лейтенанта А.П.Штера "На крейсере "Новик" (СПб.: Гангут, 2001) и мичмана Б.К.Шуберта "На крейсерах "Смоленск" и "Олег" (СПб.: Гангут, 2009). В сборниках статей "Гангут", "Цитадель", "Источник. Историк. История", журналах "Воздухоплаватель", "Отечественные архивы" и других печатаются статьи А.Ю.Емелина по различным вопросам истории российского флота.
С 2002 года Алексей Юрьевич - главный редактор сборника статей "КОРТИК. Флот. История. Люди", издающегося ИПК "Гангут" и посвященного судьбам моряков отечественного флота.
В 2007 году Алексей Юрьевич защитил кандидатскую диссертацию по теме "Военно-морские агенты России: Эволюция института, его задач и методов. 1856-1918".