Родился в Париже в семье инженера-итальянца. Ранняя смерть отца привела к тому, что Золя вырос в бедности, рано пошел работать (начинал клерком в издательстве); с 1865 года он зарабатывал на жизнь, публикуя стихи, рассказы и литературно-критические статьи.

В 1867 году увидел свет первый значительный роман Золя "Тереза Ракен" - по замечанию одного из критиков, "блестящее психологическое исследование убийства и страсти". Этим романом Золя "основал" новое литературное направление - натурализм; по его мнению, натуралистический роман = тот, что глубоко проникает во все сферы человеческого существования и описывает любое социальное зло, никому и ничему не давая поблажки. С 1871 по 1893 год Золя написал двадцать романов, входящих в цикл "Ругон-Маркары"; эти романы - художественное воплощение "доктрины натурализма".

Из романов цикла наиболее известны "Чрево Парижа" (1873), "Западня" (1877), "Нана" (1880), "Жерминаль" (1885), "Деньги" (1891) и "Разгром" (1982). Сам Золя называл романы этого цикла "документами эпохи"; Поздние романы писателя не столь интересны; из них можно выделить трилогию "Три Города" (1894-1898) - "Лурд" (1894), "Рим" (1896) и "Париж" (1898). Высшим же достижением Золя-критика считаются работа "Экспериментальный роман" (1880) и сборник статей "Писатели-натуралисты" (1881).

В январе 1898 г. Золя опубликовал в парижской газете "Аврора" знаменитое открытое письмо, озаглавленное "Я обвиняю". Это письмо-памфлет было направлено против французских чиновников, по ложному обвинению признавших артиллерийского офицера Альфреда Дрейфуса виновным в государственной измене (знаменитое "дело Дрейфуса").

Творчество Золя оказало значительное влияние на современную литературу.