Родился в 1951 году. В начале 1990-х годов после десяти лет работы на Ленинградском судостроительном заводе им. А.А.Жданова (ныне ОАО СЗ "Северная верфь") он принял непосредственное участие в создании сборника "Гангут" и организации одноименного издательства, главным редактором которого работал до июля 2003 года.
С 1993 года Н.Н.Афонин ведет раздел "История судостроения" в научно-техническом журнале "Судостроение", а со второй половины 2009 года является ответственным редактором научно-производственного сборника "Вестник технологии судостроения и судоремонта".
Н.Н.Афонин - автор вышедших в издательстве "Гангут" в серии "Мидель-шпангоут" монографий "Миноноски российского флота" (в соавторстве с В.В.Яровым), "Лидер "Ташкент", "Миноносец "Сокол" и "соколы", "Эскадренные миноносцы типа "Изяслав" и "Французские "торпиллеры" в русском флоте", а также большого числа статей по истории отечественного флота и судостроения, опубликованных в журнале "Судостроение", "Морском историческом сборнике", сборнике "Гангут" и в таких изданиях, как "Морская коллекция" и "Корабли и сражения". Кроме того, под его общей редакцией вышло несколько выпусков серии "Стапель", подготовленных издательско-торговым домом "ЛеКо".