Родился в селе Жуковка Вяземского уезда Смоленской губернии, в дворянской семье. В 1808-11 учился в Московском университете, по окончании поступил подпрапорщиком в лейб-гвардии Семёновский полк.
Участник Отечественной войны 1812 и заграничных походов русской армии 1813-14. Отличился в битвах при Бородине и Кульме. В 1816 перевелся в 37-й егерский полк. С 1818 в отставке в чине капитана.
Якушкин - один из основателей "Союза спасения". В 1817 вызвался совершить цареубийство, когда предложение было отклонено, вышел из "Союза".
С 1819 член "Союза благоденствия". В 1820 он предпринял попытку освобождения крестьян без земли. С 1821 Якушкин - член Северного общества декабристов.
В 1823-24 в связи с женитьбой отошел от общества; живя в имении, составил проекты освобождения крестьян с землей за выкуп.
В декабре 1825 Якушкин предложил обществу поднять восстание войск Московского гарнизона.

Арестованный 9 января 1826, стойко вел себя на следствии. Приговоренный к 20 годам каторги (позднее срок был сокращен до 10 лет), до ноября 1827 содержался в крепости Роченсальм (Финляндия), затем на Нерчинском руднике и Петровском заводе в Забайкалье.
С 1835 на поселении в Ялуторовске; занимался педагогической деятельностью, основал училища для мальчиков (1842) и девочек (1846), обучение в них велось по Белл-Ланкастерской системе. Большую часть предметов преподавал сам Якушкин, который одновременно много занимался естественными науками, главным образом астрономией.
После амнистии 1856 Якушкин жил в с. Новинки Тверской губернии. Незадолго до смерти перевезен сыном Е. И. Якушкиным в Москву.
"Записки" Якушкина - ценный источник по истории движения декабристов.